Berdasarkan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 96 Tahun 2022 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Koperasi dan Usaha Kecil Menengah, maka struktur organisasi Dinas Koperasi dan Usaha Kecil Menengah DIY adalah sebagai berikut:
